Sindirim, ağız boşluğundan başlayarak mide yoluyla ince bağırsaklara kadar gıda maddelerinin parçalanması, seçimi ve emilmesi sürecidir. Bağırsakların işlevi ise alerjik süreçte büyük bir rol oynar. Alerjik bünyelerde sindirim enzimleri genellikle az çalışır, bununla birlikte bağırsak mukoza duvarlarında işlevsel zafiyet ve bağırsak bağışıklık sisteminde işlevsel bozukluk gözlemlenir.
Büyük moleküller genellikle tam olarak parçalanmazlar ve gözenekli bağırsak mukoza zarından, yoğunlaşmış bağışıklık direncinin ortaya çıkabileceği lenf dokusuna nüfuz ederler. Yerleşik bir teoriye göre bu, gıda alerjilerinin ve intoleransın gelişmesinin ana sebebidir. Bu fonksiyon bozukluğuna, bozulmuş bağırsak florası, yani mikroorganizmaların kusurlu karışımı eşlik eder. Bu durum, çok fazla şeker-beyaz un-renklendirici ve koruyucudan oluşan sağlıksız beslenmenin neden alerjilerin gelişiminde büyük rol oynadığını izah etmektedir.
Çölyak, ülser, gastrit, mide – bağırsak gazları, ishal vekabızlıklar, İrritable colon sendromu (Huzursuz Bağırsak Sendromu) gibi sindirim sistemi hastalıklarının tedavisinde biorezonans terapilerinin büyük faydası tespit edilmiş, hastaların yaşamı kolaylaştırılmıştır. Çoğu durumda, Crohn hastalığı ve ülseratif kolitte olduğu gibi kronik enflamatuar süreçler dahi, hedefe yönelik Biorezonans tanısı ve tedavisi ile başarılı bir şekilde iyileşir.